Bioinformatiker i single-cell immunitets-transkriptomik och epigenomik

2 weeks ago


Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

Din roll

Niklas Björkström's forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade grundläggande molekylära och immunologiska undersökningar av värdefulla mänskliga vävnadsprover för att upptäcka nya sjukdomsmekanismer och terapimål. Björkström's grupp består av 5 doktorander och 4 postdoktorer och har ett starkt track-record inom forskning om mänskliga NK-celler i vävnader (Sci Immunol 2021, 2020, Sci Trans Med 2021 x2). Gruppen samarbetar nära med kliniska kollegor vid flera svenska sjukhus samt laboratoriefaciliteter vid Science for Life Laboratories (SciLifeLab), Karolinska Institutet och utomlands. Bioinformatikern kommer att arbeta i nära samarbete med alla medlemmar i teamet för att fortsätta den framgångsrika forskningslinjen med användning av single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) och ATAC-seq för att dissekera mänsklig ILC-biologi i hälsa och sjukdom.

Bioinformatikern kommer att vara en del av Center for Infectious Medicine (CIM), Karolinska Institutet, vilket är ett nationellt ledande och internationellt konkurrenskraftigt center för mänsklig translationell immunologi och forskning om infektionssjukdomar. Centret består av cirka 25 doktorander och 30 postdoktorer organiserade kring 15 oberoende forskargrupper. Bioinformatikern kommer också att vara en del av ett nybildat Center for Bioinformatics and Biostatistics (CBB) vid Karolinska Flemingsberg Campus som syftar till att skapa en toppmodern och världsledande bioinformatik-hubb. Detta center kommer också att erbjuda mentorskap och stöd för karriärutveckling.

Vi söker en bioinformatiker som kommer att arbeta som en integrerad del av vårt team och vara involverad i flera pågående projekt. Vi har redan stora mängder avancerad sekvensdata inklusive scRNA-seq (SMARTseq2 och 10X genomics) och ATAC-seq-data samt flerfärgsflödescytometridata av humana ILCs, som kommer att analyseras i nära samarbete med andra teammedlemmar och andra bioinformatiker vid SciLifeLab och CBB. Därför är utmärkta kommunikationsfärdigheter och flytande engelska nödvändiga.

Vem är du?

Den framgångsrika kandidaten ska:

Ha en doktorsexamen inom bioinformatik/datavetenskap eller ett relaterat område. Fullt behärska R och Python (vara kunnig i Python Data Stack-verktyg som NymPY, SciPY, Pandas, scikit) och ha gedigen erfarenhet av Unix/Linux samt statistikkunskaper. Ha erfarenhet av genomisk NGS-data och särskilt erfarenhet av att arbeta med scRNA-seq/scATAC-seq från FASTQ till analyserad data, både med 10X, SS2 och andra format. Goda språkkunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Det är meriterande om kandidaten har:

Förmågan att formalisera biologiska frågor i datormodeller för att konsultera och ge råd om experimentell design innan data genereras är en annan merit. Kunskap om Perl/C/Matlab/SQL är en fördel. Erfarenhet av att arbeta i versionsstyrda system är en merit. Erfarenhet av högpresterande databehandling för analys är en annan merit.

Den framgångsrika kandidaten bör vara självgående, ha goda kommunikationsfärdigheter och bevisad förmåga att samarbeta effektivt och produktivt i ett tvärvetenskapligt team. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet i denna rekryteringsprocess.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.



  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Niklas Björkström’s forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade grundläggande...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Niklas Björkström’s forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade grundläggande...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är centrerad kring bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata baserade på humana fettvävsbiopsier från friska försökspersoner och patienter med olika kardiometabola sjukdomar. Nyckelfynd kommer valideras i cellmodeller med exempelvis Cas9-medierad editering i mesenkymala stamceller. Positionen är på sex...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är centrerad kring bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata baserade på humana fettvävsbiopsier från friska försökspersoner och patienter med olika kardiometabola sjukdomar. Nyckelfynd kommer valideras i cellmodeller med exempelvis Cas9-medierad editering i mesenkymala stamceller. Positionen är på sex...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är centrerad kring bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata baserade på humana fettvävsbiopsier från friska försökspersoner och patienter med olika kardiometabola sjukdomar. Nyckelfynd kommer valideras i cellmodeller med exempelvis Cas9-medierad editering i mesenkymala stamceller. Positionen är på sex...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Den tillgängliga postdoktorala positionen syftar till att utveckla och tillämpa nya genomiska metoder för att studera eukaryot genuttryck i en aldrig tidigare skådad skala genom att kombinera experimentellt arbetssätt med beräkningsmetoder. Kandidaten kommer att arbeta inom ramen för ett nyligen tilldelat ERC-synergiprojekt (EPIC -...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Arbetsuppgifterna i rollen som Bioinformatiker omfattar att bidra till, skapa och underhålla Julia kodbaser och paket. Vidare omfattar rollen beräkningsesxperiment samt jämförelser av olika metoder etc. Vem är du? Krav för tjänsten: Påvisbar expertis inom programmering och metodutveckling inom beräkningsbiologi, speciellt...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Mjösbergsgruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC), i människor, och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade molekylära och cellulära immunologiska undersökningar av mänskliga vävnadsprover för...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Full time

    Tekniskt ansvarig sjukhuskemist/cellbiolog till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Vi söker nu en tekniskt ansvarig till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM). Har du erfarenhet av forskning och utvecklingsarbete, god samarbetsförmåga och ett driv att vara med och utveckla framtidens diagnostik i sjukvården? I så fall kan det...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Full time

    Tekniskt ansvarig sjukhuskemist/cellbiolog till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Vi söker nu en tekniskt ansvarig till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM). Har du erfarenhet av forskning och utvecklingsarbete, god samarbetsförmåga och ett driv att vara med och utveckla framtidens diagnostik i sjukvården? I så fall kan det...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Mjösbergsgruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC), i människor, och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade molekylära och cellulära immunologiska undersökningar av mänskliga vävnadsprover...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Mjösbergsgruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC), i människor, och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade molekylära och cellulära immunologiska undersökningar av mänskliga vävnadsprover...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Projektet fokuserar på utvecklingen av läkemedel som är inriktade på amyloid- och tau-patologi för AD och andra neurodegenerativa sjukdomar. Vi kombinerar strukturbiologiska tekniker som datorstödd läkemedelsdesign, biofysiska och biokemiska metoder för att utveckla läkemedelskandidater. Vi undersöker biologiska effekter av dessa...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Vi söker en forskningsassistent som kommer att spela en nyckelroll i vår forskningsavdelning med fokus på genomreplikation och cancerbiologi. För att bekämpa sjukdomar som cancer behöver vi öka vår förståelse kring de processer som styr celldelning och DNA-replikation. Forskargrupperna Lemmens och Bartek har tilldelats ett...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Malin Flodström Tullbergs forskargrupp studerar hur vår genetiska bakgrund och omgivningsfaktorer kan leda till den autoimmuna sjukdomen typ 1 diabetes. Som postdoktor kommer du att studera hur T-celler svarar på infektioner med virus som tros kunna orsaka typ-1 diabetes. Du kommer även att analysera hur T-celler är involverade i...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Full time

    Quality manager till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM) Vi söker nu en Quality manager till aferes- och stamcellsverksamheten på Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM). Har du erfarenhet av kvalitetsarbete, god samarbetsförmåga och vill vara med och bidra till kvalitetssäkring inom avancerad cell- och genterapi? I så...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Vi söker två postdoktorer som brinner för avancerad mikroskopi och/eller genomanalys och som vill göra grundläggande upptäckter inom cancerforskning. Personerna ska vara öppna för att dela med sig av sin expertis och kompletterande färdigheter, vilket kommer att leda till att de stärker sina egna karriärer såväl som vår...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Tjänsten kommer att omfatta arbete med bioinformatik, maskininlärning av transkriptomdata inom ett europeiskt projekt finansierat av Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking on immunmedierade sjukdomar där Karolinska Institutet är partner under koordinering av Prof Marta E. Alarcón-Riquelme och med samarbete från...


  • Lomma Municipality, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för växtförädlingOm jobbetBetydelsen av små RNAs i växters interaktioner med mikrober är till stor del okänd. Du kommer att undersöka mekanismer för växt- mikrob-interaktioner med fokus på transporten av små RNA i filamentösa patogeninteraktioner med olika värdväxter. Du kommer att studera mekanismerna för korsrikstransport av...


  • Solna Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll En viktig uppgift för den som erhåller tjänsten blir att bidra konceptuellt och metodologiskt till forskningen inom detta VR-finansierade projekt under handledning av docent Davide L Vetrano (huvudhandledare) och professor Bengt Winblad. Dessutom kommer personen att ha möjlighet att initiera egna projekt. Produktion av rapporter och...