Bioinformatiker i single-cell immunitets-transkriptomik och epigenomik

6 months ago


Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

Din roll

Niklas Björkström’s forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade grundläggande molekylära och immunologiska undersökningar av värdefulla mänskliga vävnadsprover för att upptäcka nya sjukdomsmekanismer och terapimål. Björkström’s grupp består av 5 doktorander och 4 postdoktorer och har ett starkt track-record inom forskning om mänskliga NK-celler i vävnader (Sci Immunol 2021, 2020, Sci Trans Med 2021 x2). Gruppen samarbetar nära med kliniska kollegor vid flera svenska sjukhus samt laboratoriefaciliteter vid Science for Life Laboratories (SciLifeLab), Karolinska Institutet och utomlands. Bioinformatikern kommer att arbeta i nära samarbete med alla medlemmar i teamet för att fortsätta den framgångsrika forskningslinjen med användning av single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) och ATAC-seq för att dissekera mänsklig ILC-biologi i hälsa och sjukdom.

Bioinformatikern kommer att vara en del av Center for Infectious Medicine (CIM), Karolinska Institutet, vilket är ett nationellt ledande och internationellt konkurrenskraftigt center för mänsklig translationell immunologi och forskning om infektionssjukdomar. Centret består av cirka 25 doktorander och 30 postdoktorer organiserade kring 15 oberoende forskargrupper. Bioinformatikern kommer också att vara en del av ett nybildat Center for Bioinformatics and Biostatistics (CBB) vid Karolinska Flemingsberg Campus som syftar till att skapa en toppmodern och världsledande bioinformatik-hubb. Detta center kommer också att erbjuda mentorskap och stöd för karriärutveckling.

Vi söker en bioinformatiker som kommer att arbeta som en integrerad del av vårt team och vara involverad i flera pågående projekt. Vi har redan stora mängder avancerad sekvensdata inklusive scRNA-seq (SMARTseq2 och 10X genomics) och ATAC-seq-data samt flerfärgsflödescytometridata av humana ILCs, som kommer att analyseras i nära samarbete med andra teammedlemmar och andra bioinformatiker vid SciLifeLab och CBB. Därför är utmärkta kommunikationsfärdigheter och flytande engelska nödvändiga.

Vem är du?

Den framgångsrika kandidaten ska:

Ha en doktorsexamen inom bioinformatik/datavetenskap eller ett relaterat område. Fullt behärska R och Python (vara kunnig i Python Data Stack-verktyg som NymPY, SciPY, Pandas, scikit) och ha gedigen erfarenhet av Unix/Linux samt statistikkunskaper. Ha erfarenhet av genomisk NGS-data och särskilt erfarenhet av att arbeta med scRNA-seq/scATAC-seq från FASTQ till analyserad data, både med 10X, SS2 och andra format. Goda språkkunskaper i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Det är meriterande om kandidaten har:

Förmågan att formalisera biologiska frågor i datormodeller för att konsultera och ge råd om experimentell design innan data genereras är en annan merit. Kunskap om Perl/C/Matlab/SQL är en fördel. Erfarenhet av att arbeta i versionsstyrda system är en merit. Erfarenhet av högpresterande databehandling för analys är en annan merit.

Den framgångsrika kandidaten bör vara självgående, ha goda kommunikationsfärdigheter och bevisad förmåga att samarbeta effektivt och produktivt i ett tvärvetenskapligt team. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet i denna rekryteringsprocess.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.



  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Forskning och utvecklingVår forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder.Vår forskning är translationell eftersom den involverar avancerade grundläggande molekylära...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollVår forskargrupp studerar utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda lymfoida celler (ILCs), inklusive naturliga mördarceller, och hur dessa celler bidrar till patologi och normal homeostas i organ som lever och livmoder. Vi söker en bioinformatiker som kommer att arbeta som en integrerad del av vårt team och vara involverad i...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Om ossKarolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla.Vårt arbeteVi söker en biologisk informationsanalysare som kommer att arbeta med oss i vår forskargrupp, studerande utveckling, reglering och funktion av mänskliga medfödda...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är att arbeta med bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata från humana fettvävsbiopsier. Du kommer att arbeta nära forskare med olika bakgrunder och vara delaktig i projektet från början till slut. Vem är du? För att kvalificera dig bör du ha en masterexamen eller motsvarande i ett relevant område. Du...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är centrerad kring bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata baserade på humana fettvävsbiopsier från friska försökspersoner och patienter med olika kardiometabola sjukdomar. Nyckelfynd kommer valideras i cellmodeller med exempelvis Cas9-medierad editering i mesenkymala stamceller. Positionen är på sex...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll är att utföra bioinformatiska analyser av proteomik-, transkriptomik- och metabolomikdata främst baserade på humana fettvävsbiopsier. Dessa data kommer att valideras i cellmodeller med exempelvis CRISPR/Cas9-medierad editering i mesenkymala stamceller. Detta är en temporär position på sex månader som kan förlängas beroende på projektets...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Mjösbergsgruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC), i människor, och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade molekylära och cellulära immunologiska undersökningar av mänskliga vävnadsprover...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollMjösbergsgruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC), i människor, och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm. Studierna är translationella eftersom de involverar avancerade molekylära och cellulära immunologiska undersökningar av mänskliga vävnadsprover för att...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollKarolinska Institutet söker en postdoktor med erfarenhet av single-cell RNA-sekvensering och flödescytometri för att arbeta inom Mjösbergsgruppen.Gruppen studerar utvecklingen, regleringen och funktionen av medfödda lymfoida celler (ILC) i människor och hur dessa celler bidrar till patologi i slemhinnor som lunga och tarm.Projektet har redan...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Full time

    Om tjänstenVår verksamhet på KITM innefattar storskalig analysverksamhet med högteknologisk utrustning inom Klinisk Immunologi och Transfusionsmedicin, inklusive bloddonation och patientverksamhet inom hemoterapi. Tjänsten är placerad på enheten för Klinisk Immunologi i Huddinge som bland annat utför analyser inom transplantationsimmunologi,...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollVi söker en forskningsspecialist till vårt centrum för cervixcancereliminering. Du kommer att arbeta med databashantering och analys av registerdata för att öka kunskapen om SARS-CoV-2 och förhindra cervixcancer. Anställningen är uppdelad i två lika stora delar, där den ena delen innefattar analys av SARS-CoV-2 data och den andra delen...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollVi söker en driftig forskningsspecialist som vill bidra till att förstå och bekämpa cervixcancer. Du kommer att arbeta med databashantering och analys av registerdata för att öka kunskapen om SARS-CoV-2 och förhindra cervixcancer. Rollen är uppdelad i två delar: en del handlar om att analysera SARS-CoV-2-data och den andra om att analysera...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Malin Flodström Tullbergs forskargrupp studerar hur vår genetiska bakgrund och omgivningsfaktorer kan leda till den autoimmuna sjukdomen typ 1 diabetes. Som postdoktor kommer du att studera hur T-celler svarar på infektioner med virus som tros kunna orsaka typ-1 diabetes. Du kommer även att analysera hur T-celler är involverade i...


  • Huddinge Municipality, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din rollMalin Flodström Tullbergs forskargrupp studerar hur vår genetiska bakgrund och omgivningsfaktorer kan leda till den autoimmuna sjukdomen typ 1 diabetes. Som postdoktor kommer du att studera hur T-celler svarar på infektioner med virus som tros kunna orsaka typ-1 diabetes. Du kommer även att analysera hur T-celler är involverade i immunsvaret...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Full time

    Molekylärbiolog/sjukhusgenetiker, Klinisk immunologi & transfusionsmedicin Vi söker nu molekylärbiolog/sjukhusgenetiker till Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM). Har du erfarenhet av forskning och utvecklingsarbete inom molekylärbiologi och/eller genetik, god samarbetsförmåga och ett driv att vara med och utveckla framtidens...


  • Huddinge, Sweden Region Stockholm Full time

    Är du specialist inom barn- och ungdomsmedicin med särskilt intresse av barnobesitas? Vi söker dig med särskilt intresse för barnobesitas som vill jobba på vår högspecialiserade enhet för barn och ungdomar med allvarlig obesitas. Du erbjuds Hos oss kommer det att finnas stora möjligheter att medverka eller själv vara drivande inom...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Full time

    Specialistläkare i barn- och ungdomshematologi och onkologi till Barnhematologen Är du redo för en utmaning där du kan göra en verklig skillnad i barns liv? Vi söker nu en specialistläkare som vill bidra till vårt uppdrag att leverera vård, forskning och utbildning på högsta internationella nivå, välkommen med din ansökan! Du erbjuds...


  • Huddinge, Sweden Karolinska Institutet Full time

    Din roll Som postdoktor kommer du att studera de transkriptomiska profilerna av genetiskt spårade intervertebrala diskceller och fettvävnadsceller. Forskningsarbetet inkluderar analys av singelcell/kärnadata, konfokal avbildning, immunfluorescens och standardtekniker för molekylärbiologi. Du förväntas ha förmågan att självständigt driva...


  • Huddinge, Sweden Region Stockholm Full time

    Gör skillnad som specialistläkare inom barn- och ungdomsmedicin vid Nordens ledande centrum för barnnjurmedicin. Din professionella utveckling hos oss kommer att präglas av engagemang för högspecialiserad vård och innovativ forskning.  Du erbjuds Hos oss kommer du att arbeta i en forsknings- och utvecklingsdriven miljö inom...


  • Huddinge, Sweden Region Stockholm Full time

    Är du legitimerad läkare med ett genuint intresse av både laboratoriearbete och patientkontakt? Vi ger dig möjligheten att vara en del av den snabba och spännande utvecklingen inom immunologi och transfusionsmedicin. Sök och bli vår nya ST-läkare! Vi erbjuder Vi erbjuder en ST-tjänst inom Klinisk immunologi och transfusionsmedicinering (KITM),...