Bioinformatiker/systemingenjör till Klinisk genomik, Region Örebro

Bioinformatiker/systemingenjör till Klinisk genomik, Region Örebro

Vill du jobba i gränslandet mellan forskning och klinisk tillämpning och bidra till framtidens precisionsmedicin?

Vi söker en bioinformatiker/systemingenjör till Enheten klinisk genomik på Kliniskt forskningscentrum, Region Örebro län. Vid enheten samlas utveckling inom next generation sequencing (NGS) för klinisk diagnostik och nationella satsningar baserade på genomik såsom Genomic Medicine Sweden (GMS). GMS samordnar på nationell nivå införandet av precisionsmedicin och banar väg för bättre diagnostik, vård och behandling i Sverige. Region Örebro län och Örebro universitet utgör en del av GMS genom Genomiskt medicincentrum Örebro (GMC Örebro) och har i uppgift att bidra till att utföra bred gensekvensering av patientprover inom sjukvården.

Arbetsuppgifter:

Som bioinformatiker/systemingenjör kommer du att arbeta med tekniska och bioinformatiska moment kopplade till den Nationella Genomikplattformen (NGP), GMS:s nationella satsning för säker lagring, analys och delning av genetisk data.

Dina arbetsuppgifter kommer bland annat innefatta:

. installation, konfigurering och driftsättning av bioinformatiska pipelines utvecklade inom GMS

. att tekniskt stödja och genomföra anslutning av regioner till NGP, inklusive systemintegration och anpassning av lokala miljöer

. arbete med containerteknik, versionshantering och automatisering för robust och reproducerbar drift

. medverkan i utveckling, optimering och testning av pipelines och NGS-arbetsflöden

. samverkan med nationella arbetsgrupper för att möjliggöra snabb och tillförlitlig identifiering och typning av mikroorganismer med NGS

Kvalifikationer:

Vi söker dig med teknisk eller naturvetenskaplig utbildning, gärna på civilingenjörs-, master- eller forskarnivå inom bioinformatik, datateknik, bioteknik eller annan relevant disciplin.

Du bör ha:

. erfarenhet av installation, konfigurering och driftsättning av analyspipelines i Linuxmiljö

. praktisk erfarenhet av NGS-datahantering och bioinformatiska analyser

. förmåga att arbeta med systemintegration och tekniska lösningar vid anslutning av externa miljöer till en central plattform

. goda projektledaregenskaper, såsom förmåga att planera, koordinera och driva tekniska uppdrag i samverkan med flera aktörer, både lokalt och nationellt

Meriterande:

. erfarenhet av molnbaserade eller klusterbaserade beräkningsmiljöer

. arbete med pipeline-ramverk som Nextflow eller Snakemake

. erfarenhet av större nationella, distribuerade eller forskningsnära projekt

Arbetet sker i nära samarbete med forskare, molekylärbiologer, medicinskt ansvariga läkare och biomedicinska analytiker, både lokalt och nationellt. Vi förutsätter därför god samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i svenska och engelska i tal och skrift.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper.

Anställningsform:

• Allmän visstid

Visstidanställning 2 år. Tillträde enligt överenkommelse.

Upplysningar:

• Enhetschef - Bianca Stenmark,
• SACO - Anders Bäck man,

Sista ansökningsdag:

Ansökan ska innehålla CV och personligt brev. Intyg, betyg, examensbevis med mera ska lämnas vid en eventuell intervju.

Om du är eller tidigare varit anställd i Region Örebro län kommer vi ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning.

Kontroll av registerutdrag från Polismyndigheten kan komma att ske enligt aktuell lagstiftning.

Vi krigsplacerar våra tillsvidareanställda och i vissa fall även visstidsanställda. Läs mer om vad det innebär.

Vår organisation:

Ärendenummer:

HoS:2025:975

Övrigt:

Välkommen med din ansökan

Vi har gjort vårt medieval för denna rekrytering och undanber oss därför erbjudanden om annonserings- och rekryteringshjälp i samband med denna annonsering.

---