1-2 Postdoktorer bioinformatik eller datavetenskap

1 week ago


Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och det teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Arbetsuppgifter:
Vi söker en postdoktor inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller datavetenskap. Forskargruppen är kopplad till SciLifeLab och ingår i National Program for Datadriven Life Science (DDLS), generöst finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Kandidaten kommer att arbeta i Marcel Tarbiers labb (https://www.scilifelab.se/researchers/marcel-tarbier/). Vår forskning är fokuserad på beräkningsmetodutveckling (statistiska metoder och maskininlärning) för encellsgenexpressionsdata (såsom encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik och in situ-sekvensering) för att härleda komplexa cellegenskaper. De två huvudprojekten som kandidaten kommer att arbeta i syftar till att sluta sig till cellulära härstamningsförhållanden respektive cellulära mikromiljöer. Detta uppnås genom ett datadrivet tillvägagångssätt, där stora komplexa datamängder dissekeras kvantitativt och subtila signaturer kopplas till ytterligare observationer. Detta i sin tur lägger grunden för tillämpningar inom precisionsmedicinrelaterade humanbiopsier och cancerheterogenitet. Kandidaten kommer att ha möjlighet att individuellt driva projektet framåt och utveckla sin egen forskningslinje samt att utöka sin kompetens i skärningspunkten mellan statistik, programmering och biologi.

Kvalifikationer:
Doktorsexamen i beräkningsbiologi, bioinformatik, biostatistik, datavetenskap, tillämpad statistik, maskininlärning, bioteknik, molekylärbiologi/medicin eller motsvarande eller en utländsk examen som bedöms motsvara samma doktorsexamen. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
Kunskaper i skärningspunkten mellan matematik, programmering och biologi krävs. Den sökande bör ha erfarenhet inom två av dessa områden och ett intresse av att lära sig om det återstående.
Kandidaten krävs att ha goda kunskaper i R- eller python-programmering samt erfarenhet av utveckling av originalkod och algoritmer för dataanalys. Erfarenhet av statistik, hantering av stora datamängder (kvantitativa, 100-tals funktioner, 100-tals objekt), dataanalys och visualisering förväntas. Flytande engelska i skrift och tal är nödvändig.

Meriterande:
• Erfarenhet av encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik eller in situ sekvensering
• Erfarenhet av att hantera tekniska och andra fördomar i data och av att hantera komplexa data med inbördes beroende funktioner
• Erfarenhet av HPC, parallellisering och hantering av stora datamängder
• Erfarenhet av inferens av egenskaper (t.ex. att sluta sig till en icke observerad extern faktor genom dess fotavtryck i data, d.v.s. transkriptionsfaktoraktivitet från RNA-sekvenseringsdata)
• Erfarenhet av multi-omics integration, maskininlärning eller RNA pseudo-tids- och hastighetsanalyser

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel Tarbier, marcel.tarbier@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 14 mars 2025, UFV-PA 2025/357.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.



  • Uppsala, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för husdjurens biovetenskaper Vi söker en postdoktoral forskare med möjlighet att utveckla sitt eget forskningsprogram. Tjänsten är tidsbegränsad till ett tvåårigt kontrakt med möjlighet till förlängning, vilket ger dig chansen att göra en verklig insats i en mycket samarbetande och stödjande forskningsmiljö. Om jobbet En unik...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden TN Sweden Full time

    Karriärutveckling i VillkorsprogrammeringVi erbjuder en 2-årig karriärutvecklingsplats för en postdoktor inom villkorsprogrammering. Du kommer att arbeta med att utveckla och implementera villkorsprogrammeringsmetoder i vårt beslutsstöd.Uppdrag:Utveckla och implementera villkorsprogrammeringsmetoder.Samarbeta med teammedlemmar för att utveckla ett...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Postdoktor inom epidemiologi Vill du arbeta med epidemiologisk forskning, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Är du sugen på att växa professionellt? Letar du efter en mentor som stödjer dig i din...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vi söker en driven och motiverad forskare på postdoktor-nivå till Oskar Erikssons forskargrupp vid institutionen för immunologi, genetik, och patologi, som är verksam på Rudbecklaboratoriet i Uppsala. Forskningen i gruppen är mycket translationell och syftar till att bättre förstå hur det medfödda immunförsvaret och komplementsystemet bidrar...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vill du arbeta med forskning i molekylär evolution, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som forskare i molekylär evolution med fokus på mikrobiell systembiologi på...


  • Uppsala, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för ekonomi Vi söker en postdoktor för att stärka vårt team och bidra till ett pågående projekt som fokuserar på att förstå pollinatörers betydelse för livsmedelssystem. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att använda ekonometriska metoder för att uppskatta orsakerna till och konsekvenserna av minskade...


  • Uppsala, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för ekonomi Vi söker en postdoktor för att stärka vårt team och bidra till två pågående projekt som fokuserar på att förbättra resiliensen inom jordbruks- och livsmedelssystem. Kärnan i projekten är att använda handelsmodelleringsmetoder för att analysera de ekonomiska effekterna av störningar orsakade av negativa chocker. Det...


  • Uppsala, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för stad och land Projektet ”Forest and settlement fires in Fennoscandia, 1600–1800” har erhållit bidrag från Vetenskapsrådet i en utlysning för internationell postdoc. Projektets syfte är att bättre förstå hur skogs- och bebyggelsebränder har påverkat rurala samhällen i det tidigmoderna Sverige, Finland och Norge. Dess mål...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden TN Sweden Full time

    Kemisk expertis för framgångVi söker en postdoktor som kommer att arbeta i Lanekoff gruppen och bidra till centrets expansion genom interdisciplinärt samarbete. För att lyckas med uppgiften bör du ha relevant bakgrund inom livets kemi med fokus på små molekyler, såsom metaboliter och lipider. Erfarenhet av masspektrometri (MS), bioinformatik,...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vill du arbeta med maskininlärning och reglerteknik, med stöd av kompetenta kollegor i en ledande internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som postdoktor på Uppsala universitet. Uppsala universitet har en lång tradition...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Postdoktor inom molekylär biofysik med fokus på ultrasnabb avbildning med röntgenlaser Vill du arbeta med ultrasnabb avbildning av biologiska prover med röntgenlasrar, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Postdoktor inom tillämpad mekanik med inriktning mot skade-kopplad diffusionsmodellering Projektbeskrivning Den utlysta tjänsten är knuten till projektet ”Diffusion and damage during delignification of wood biomass (D4mass)” finansierat av Formas, som handlar om den kemiska delignifieringsprocessen med fokus på avancerad strukturell karakterisering...

  • Koordinator (1-2 st)

    3 weeks ago


    Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden TN Sweden Full time

    Experten på VillkorsprogrammeringVi letar efter en expert på villkorsprogrammering som kan bidra till vår karriärutveckling inom TN Sverige. Som postdoktor kommer du att arbeta med att utveckla metoder för villkorsprogrammering och implementera dem i vårt beslutsstöd.Arbetets Omfattning:Utveckla och implementera villkorsprogrammeringsmetoder.Samarbeta...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vill du arbeta med barns och ungdomars psyskiska hälsa med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som Postdoktor i barns och ungdomars psykiska hälsa på Uppsala...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vill du arbeta med mjuka material, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som postdoktor på Uppsala universitet. Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden TN Sweden Full time

    Uppdrag inom beslutsstöd med villkorsprogrammeringVår forskargrupp söker en postdoktor för att utveckla metoder och verktyg för villkorsprogrammering, med fokus på applikationer inom life science-området.I rollen kommer du att arbeta med forskning och utveckling av nya metoder och verktyg, samt samarbeta med andra forskare och experter inom...


  • Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Avdelningschef för NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden) Vill du arbeta med avancerad bioinformatiksupport till svenska forskare inom livsvetenskaperna, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden TN Sweden Full time

    Postdoktor i Beslutsstöd med Hjälp av VillkorsprogrammeringTN Sweden utvecklar metoder för villkorsprogrammering för att förbättra beslutsstöd inom life science-området. Projektet undersöker hur villkorsprogrammering kan användas tillsammans med maskininlärning för att hitta nya läkemedel mot hjärntumörer.Arbetets Innehåll:Vi utvecklar...


  • Uppsala, Sweden Sveriges Lantbruksuniversitet Full time

    Institutionen för ekonomi Institutionen för ekonomi utlyser en ledig anställning som postdoktor i forskargruppen Jordbrukssektorns ekonomi. Om jobbet Detta postdoktor-projekt fokuserar på ekonomiska effekter på gårdsnivå kopplat till införandet av jordbruksmetoder som är mer i linje med miljömässig hållbarhet, genom analyser baserade på...