Senior bioinformatiker till NGI Uppsala, SNP&SEQ

4 days ago


Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time
Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 450 Terabaser data till våra uppdragsgivare. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Om du har en stark bakgrund inom bioinformatik, erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata och en önskan att vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team är du välkommen med din ansökan. Vi söker en erfaren bioinformatiker för att arbeta med att utveckla, underhålla och tillämpa såväl befintliga som framtidens verktyg för bioinformatikanalyser i vår verksamhet.

Arbetsuppgifter
Dina arbetsuppgifter kommer bland annat att omfatta följande:

- Bioinformatiska analyser av sekvens- och genotypdata i serviceprojekt.
- Utveckla och implementera dataverktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser.
- Analysera data från interna valideringar av nya laboratoriemetoder, bioinformatiska verktyg och interlaborativa jämförelser, samt delta i att skriva rapporter med resultaten.
- Delta i projektplaneringsmöten med uppdragsgivare och där bidra med expertis kring bioinformatiska frågeställningar.
- Delta i felsökning och kvalitetskontroll, samt göra sammanställningar och statistiska analyser av genererat sekvenseringsdata.
- Samarbete med UPPMAX, andra SciLifeLab-verksamheter och andra aktörer med likvärdig verksamhet.

Kvalifikationskrav

- Universitets- eller högskoleexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, genetik eller liknande område.
- Mångårig dokumenterad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik.
- Dokumenterad erfarenhet av analys av storskalig sekvenseringsdata från NGS, (exempelvis helgenom-, exon-, eller RNAseq-data) från olika organismer.
- Praktisk erfarenhet av vanliga bioinformatikverktyg.
- Goda programmeringskunskaper i Python.
- Mycket god vana av arbete i linuxmiljö och i HPC system.
- Erfarenhet i användning av Git, distribuerad versionskontroll och kodgranskning.
- Erfarenhet av användning av Nextflow.
- God förmåga att hantera och prioritera uppgifter effektivt.
- God förmåga att identifiera och lösa uppkomna problem under dataanalys självständigt.
- Erfarenhet av att arbeta i ackrediterad miljö (eller annan motsvarande reglering).
- Erfarenhet av arbete i en forskningsnära servicefacilitet.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.
- Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.
- En vilja att lära sig nya metoder och förmåga att skaffa sig nya färdigheter är ett krav för denna tjänst.

Vi söker en person som är utåtriktad, initiativtagande, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

- Doktorsexamen inkluderande bioinformatik med fokus på genomik, populationsgenetik eller liknande område.
- God förståelse för hur preanalytiska och laborativa metoder kan påverka datakvalitet.
- Kvalitetskontroll och analys av storskalig genotypningsdata.
- God förståelse av informationssäkerhet och GDPR

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 28 mars 2025, UFV-PA 2025/755.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Arbetsgivare: Uppsala Universitet har en stark position på den internationella forskningsskalan med inriktning på medicinsk vetenskap och komplexa biologiska system. Vi erbjuder ett attraktivt arbetsklimat med samarbete mellan medarbetare från olika discipliner.Vår verksamhet är organisatoriskt indelad i tre huvudenheter: Institutionen för medicinska...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder servicemed alternativ för alla typer av DNA- eller proteinanalyser, oavsett hur komplex det är att utföra undersökningen. Gruppen är organiserad runt två funktioner: Serviceprojekt och Verktygsutveckling. I tjänsten...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Postdoktor i bioinformatik med inriktning mot AI och kemisk säkerhetVill du arbeta med forskning, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som Postdoktor vid institutionen...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå.Vi studerar också de djupaste förgreningarna i livets träd med hjälp av bioinformatik och experimentella molekylära tekniker. Forskning om hur kemikalier av antropogent ursprung interagerar med cellfunktioner och ger...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    TjänstenVi erbjuder en tidsbegränsad tjänst som doktornadsplaats inom ramen för Marie Skłodowska-Curie Action (MSCA) Doctoral Network. Som doktorand kommer du att arbeta i en stor samling av genetiskt välkarakteriserade och kliniskt problematiska bakterier. Du kommer att ha tillgång till experimentella metoder såsom precisa genetiska konstruktioner,...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en av de största kliniska institutionerna vid Uppsala Universitet med över 900 personer knutna till oss via Akademiska Sjukhuset. Vår forskningsprofil består av starka forskargrupper inom många olika områden där våra aktiva forskare har stor anseende både nationellt och internationellt.Vi söker en...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Forskare inom strukturbaserad läkemedelsdesignVill du att använda molekylära modeller för att studera hur små molekyler och peptider binder till receptorer och enzymer, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Uppsala estetiska gymnasiumÄr du musiklärare och intresserad av att arbeta med ungdomar som har musik som sitt huvudintresse och har kommit en bit framåt i sitt musikskapande? Vill du leda lärandet hos blivande musiker till den nivån att de kan antas till högre utbildningar inom musik? Då kan du vara den lärare vi söker till Uppsala estetiska...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Uppsala kulturskolaÄr du brasspedagog med erfarenhet av undervisning i kulturskola eller liknande verksamhet? Vill du vara med och undervisa våra elever i El Sistema orkesterskola i ett lag med engagerade och trevliga kollegor? Då kanske det är just dig vi söker Välkommen med din ansökan Uppsala kulturskola är en del av kulturförvaltningen i Uppsala...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Om ossInstitutionen för nordiska språk är en del av Uppsala universitet, med ca 100 anställda. Vi bedriver forskning och undervisning om det svenska språket och de nordiska grannspråken.Vår institution har verksamhet både i Uppsala och på Campus Gotland. En viktig del i vårt utbildningsuppdrag är att undervisa grundläggande svenska till...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Vill du vara med och bidra till att skapa en meningsfull fritid för alla åldrar i Uppsala? Som Verksamhetsledare på Uppsala Allaktivitetshus har du möjlighet att göra det.Om ossVi är en organisation som jobbar för att stärka demokratin och möjliggöra möten, kunskap, upplevelser och integration genom kultur-, idrotts- och fritidsverksamhet. Vi har...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Uppsala kulturskolaÄr du träblåspedagog med inriktning tvärflöjt och har erfarenhet av undervisning i kulturskola eller liknande verksamhet? Vill du ingå i ett team med engagerade lärare som gör skillnad för El Sistema-barnen? Då kan du vara den vi söker Välkommen med din ansökan Uppsala kulturskola är en del av kulturförvaltningen i Uppsala...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Doktorand i Molekylär evolutionVill du arbeta med molekylär evolution, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.Institutionen för...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Tjänsten som undersköterska på Uppsala kommunVi erbjuder dig en stark grund för din karriär i vår organisation. Som undersköterska har du ansvaret för att ge högsta kvalitet på våra brukares omvårdnad. Detta innebär att du: - Arbetar tillsammans med oss för att ge en god omvårdnad med stor hänsyn till brukarnas individuella behov- Utför...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Uppsala kommun söker legitimerade sjuksköterskor till timvikariat.Vi erbjuder dig som sjuksköterska hos oss möjligheten att arbeta med varierande arbetsuppgifter inom din område, bedöma, planera och följa upp HSL-insatser. Du får möjlighet att göra skillnad genom att med patienten i centrum bidra med din kompetens, ditt kunnande och ditt...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala Universitet Full time

    Företagsinformation Universitetsbiblioteket är en del av Uppsala universitet, ett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Vår viktigaste tillgång är våra anställda och studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Vårt yttersta mål är att bedriva utbildning...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Kompetensförsörjningen inom upphandling och inköp är en viktig del av Uppsala kommuns verksamhet. I den här rollen som inköpsprojektledare ska du driva och leda upphandlingar från början till slut, samtidigt som du utvecklar och implementerar effektiva upphandlingsstrategier.I din roll ingår att:Deltagande i planering och paketering av...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Hjälpmedel Uppsala LänHar du erfarenhet av arbete inom serviceyrke? Vill du vara med och möjliggöra för människor att utföra för dem viktiga aktiviteter trots funktionsnedsättning i sin vardag? Då kan det här vara jobbet för digHjälpmedel i Uppsala län, HUL och beläget på Palmbladsgatan 8 i Uppsala och samordnar hanteringen av hjälpmedel i...


  • Uppsala, Uppsala, Sweden Uppsala kommun Full time

    Uppsala yrkesgymnasium JällaÄr du intresserad av undervisa elever i behov av särskilt stöd och samtidigt vara med och utveckla skolans gemensamma salutogena förhållningssätt? Vi söker nu dig som har erfarenhet av arbete som speciallärare i matematik som gillar att tillsammans med andra vara med och bidra till att våra elever når sina mål med...